分公司独立核算与非独立核算的区别主要是核算的主体不同

独立核算是指由分公司自行对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算，而非独立核算是由上级单位或总公司进行会计核算

《公司法》第十四条规定，公司可以设立分公司

设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照

分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担

公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任

分公司独立核算的利弊

独立核算的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金,在当地银行开户，独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同，独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系，方便分公司自主经营。

非独立核算又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算，非独立核算单位的特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，进行简易核算，方便上级单位有效控制。